只要孩子有能力学习，就应当教会他们基本的卫生规则，包括牙齿的清洁和护理。对那些能力较差的孩子，在各项卫生方面都要加以监护。北大医疗脑健康儿童发展中心在之前的文章中已经描述过，在咀嚼方面有问题的儿童，或者坚持饮食局限于甜食的儿童，可能容易患齿龈疾病或者龋齿。仔细而经常的刷牙是必不可少的。假如孩子愿意接受电动刷牙只要使用得当，清洁牙齿的效果很好，也有助于孩子习惯口腔里的振动感觉，这种振动感觉跟一些牙科仪器相似。定期去看牙科医生是必要的，应当早在需要治牙之前就开始这样做。
关注保健问题的北大医疗脑健康儿童发展中心通常强调膳食平衡和多样化的重要性。但是这个规则可能很难应用到许多孤独症儿童的身上，因为他们只吃他们愿意吃的食物。一般说来，他们也根本没有显示出饮食不足的症状，这种情况很可能令合理膳食的狂热拥护者感到苦恼。
正如已经提到过的那样，体育锻炼在许多方面都有助于有孤独症障碍的儿童，至少从身体健康的角度来看也是如此。
大多数有孤独症儿童活跃和精力充沛，很少患病。有一些儿童由于过敏性反应而患有各种各样的疾病，包括哮喘等。已经有人提出，过敏症是孤独症的一个病因，但是至今没有确切的证据发表。如果孤独症障碍与某一种躯体障碍有联系，如结节性硬化症，则需要对此进行恰当的治疗和监护。
癫痫发作只发生在极少数有孤独症障碍的人身上。假如确实出现癫痫发作，需要进行调查研究，以寻求潜在的身体方面的原因。例如，要是仅仅在发烧时出现癫痫发作，或者要是只出现一两次，并且没有潜在的原因，或者脑电图没有发现异常，则不要立即使用药物，而要经过一段时间的观察，这往往是恰当的做法。如果需要控制癫痫发作的药物，也应当对其有效性以及可能的副作用进行监控。
沟通方面的种种问题，尤其是表达感情方面的问题，使有孤独症障碍的儿童难以在身体确实感到不舒服时表示出来，或者把任何疼痛的地方指出来。前面已经描述过，看上去哪怕是剧烈的疼痛，他们也可能不会注意到。孩子可能表现出格外的烦躁、缺少食欲、没有生气、出现皮疹或者发烧等，家长不得不通过对这些行为的观察，推断孩子身体是否不舒服。这种情况甚至可能出现在能力较高、语言良好的孩子身上。要是那个孩子有一些语言，教他们学习少数在感到疼痛或者不舒服时使用的词语，是非常有用的。“喉咙痛”、“腿痛”等确实会提供某种指导，能帮助家长获知什么地方出了毛病。一个小女孩喜欢在任何小伤口上贴上橡皮膏。当她患了扁桃腺炎的时候，第一个迹象就是她对母亲说，“喉咙不好，贴上橡皮膏。”
许多孤独症儿童以狂怒来抵制体检，虽然有些孩子在长大一些之后会高兴地接受医疗步骤。有时候，如果在家里跟父母和兄弟姐妹一起，把接受检查作为游戏的组成部分加以练习，会有助于孩子更容易地接受检查。这包括让孩子习惯冰冷的听诊器放在胸部的感觉，可以用某种相似尺寸的金属物体代替，例如手电筒的尾端等。练习在听到指令时睁开、闭上眼睛以及张开、合上嘴巴等，也是很有用的。要是可能，孩子应当在需要治疗之前就认识家庭医生，以便在孩子确实有病的时候，心理少一些忧惧。不幸的是，由于大多数家庭医生业务繁忙，这意味着要做到这一点不容易。
假如孩子不得不到医院去看病，通常较好的办法是由家长或护理者陪同他们一起去。孤独症儿童到了一个陌生的地方可能会心烦意乱，需要安慰，需要有家庭成员在场。孩子依恋的任何玩具或物件都可以一起带去。医生和护士需要家长的帮助，以便用孩子能够理解的方式进行解释，给出指令。家长还可以把孩子的需要告诉医务人员，因为孩子往往不让陌生人知道他们的意思。如果医生和主管护士之前没有给有孤独症障碍的儿童看过病，他们可能非常重视有关孩子的一些信息。在这种情况下，家长必须当着孩子的面隐藏起自己的焦虑心情，表现出冷静、自信的态度，与医疗和护理人员充分合作，以便那个孩子尽可能感到愉快和放松。虽然许多有孤独症障碍的孩子在社会交往和沟通方面存在着障碍，但是他们显然非常善于识别出其他人身上的不愉快情感的细微迹象。
应当告知为孩子看病或治牙的医生，说清楚他们的孩子以往是否接受过此类治疗。尤其是要使用麻醉剂的时候，无论是局部麻醉还是全身麻醉，这一点尤其重要。有孤独症的孩子在使用麻醉剂之后苏醒过来时，会感到头脑不清和困惑。要是有一位家长或者家庭成员在场给予安慰，孩子会得到帮助和安慰。一些有孤独症儿童对镇静剂、术前用药或者麻醉剂表现出异常的抗药性。在某些病例中，这些药物会使他们兴奋，而不是镇静。必须对给孩子治病的医生或者牙科医生提到这种可能性。
在医生开出药物处方时，药物的使用以及药物可能存在的问题，家长应当详细询问有关信息，如处方原因、剂量大小、使用方法，药物何时能起作用，可能的副作用，如何发现副作用，出现副作用时该怎么办，有没有需要特别避免的事项(如避免阳光、特殊食物)、持续用药时间等等。
